La unión a las cooperativas de facturación ha tenido una gran polémica cuando la Seguridad Social empezó a reclamar el dinero no cotizado a trabajadores freelance, durante el periodo de uso de los servicios prestados por algunas de estas cooperativas como Factoo y similares.
Aunque la Administración decidió la disolución de Factoo, diversos tribunales de lo contencioso-administrativo han estimado los recursos de muchos cooperativistas contra las resoluciones de la Tesorería General de la Seguridad Social, que les dio de alta con efecto retroactivo en el Régimen Especial de Trabajadores Autónomos (RETA) y les obligó a pagar las cuotas atrasadas con el correspondiente recargo.
En todos estos casos, los ingresos de los demandantes no superaban el importe anual de salario mínimo interprofesional (SMI), por lo que los diversos tribunales tienen en cuenta la jurisprudencia del Tribunal Supremo, que en dos sentencias de 1997 y 2007 falló que cuando los ingresos no superan el SMI no es posible entender que se está produciendo una actividad habitual y continuada que deba a obligar al trabajador a darse de alta como autónomo.